convlog

 |2000年8月までは NCSA コモンログファイル形式
 |それ以降は W3C extendedログファイルで とってしまいました。
 |この２つの形式で保存されてしまったファイルを合わせる良い方法はご存知ないで
 |しょうか？

convlog を使えばファイル形式を W3C extended から NCSA形式に変換できます。

convlog の使い方は、%SystemRoot%\system32\convlog.exe をパラメータなし
で実行するか、IISのオンラインマニュアルを見てください。